中心组建之初，从全院各单位抽调所需的初中研究、工程、实验人员20多人，集中全院大型仪器设备，成立了质谱、核磁共振、光谱、色谱、元素分析、电镜等实验室。他们在人员和设备有限的情况下，提出了“面向科研服务”的口号。先后为军事医学、药物毒物、放射医学、高原医学、微生物学等科学研究及多种生物高技术产品的研制提供了大量准确的测试数据。
1992年，*南巡讲话发表后，仪器测试分析中心随着改革的深入不断跃上新台阶。二十世纪末期，国内一批仪器测试中心难以为继。这个中心同样面临困境，他们没有退缩，大刀阔斧进行改革，大力推行干部能上能下，科技人员能进能出，实验室能设能撤，奖金能高能低“四能机制”。同时，提出“结、精通技术、精益求精“三精”的要求。通过一系列的改革整顿，中心的机制充满了生机和活力。
踏着改革开放步伐———发展壮大
1994年8月经科技部（原国家科委）批准，以军事医学科学院仪器测试分析中心为基础，吸收军事医学科学院有关生物医学分析实验室,组建了国家生物医学分析中心。1995年1月，获得国家科技部科技成果检测鉴定*检测机构授权证书；1995年12月，获得国家技术监督局计量认证合格证书；2001年4月，通过“中国实验室国家认可”评审和“国家计量认证”复审；2006年9月再次通过“中国实验室国家认可”和“国家计量论证”的复审。
