尽管固定对于组织形态的保留是*的，但这一过程对IHC/ICC检测也有不良影响。固定可能会改变蛋白的生化特性，如目的表位被掩盖，或不再与一抗结合。表位的掩盖可能是由氨基酸与表位的交联、表位附近无关肽段的交联、表位构象的改变或抗原静电荷的改变引起的。抗原修复指的是逆转表位掩盖和恢复表位-抗体结合的技术。
抗原修复技术
抗原修复的需要取决于多个变量，包括但不限于，目的抗原、所使用的抗体、组织类型，以及固定方法和持续时间。多克隆抗体能识别多个表位，因此即使不进行抗原修复，它们也比单克隆抗体更有可能检测到特定抗原。 目前有多种技术可恢复表位的免疫反应性。简单的方法有改变抗体稀释液的pH或阳离子浓度，这可能影响抗体与表位的亲和力。对于部分掩盖的表位，在开始抗原修复之前可以先试试改变一抗的孵育条件。不过，这一步也需要抗体浓度、孵育时间和温度的进一步优化。在讨论抗体修复方法时，技术通常分为两大类，蛋白酶诱导的表位修复（PIER）和热诱导的表位修复（HIER）。一旦优化好，抗原修复的影响可能是明显的。
蛋白酶诱导的表位修复（PIER）
在PIER方法中，蛋白酶K、胰蛋白酶和胃蛋白酶等都曾成功恢复抗体与表位的结合。人们认为作用机制是切割了可能遮盖表位的肽段。PIER的缺点在于恢复免疫反应性的成功率低，且有可能破坏组织形态和目的抗原。
热诱导的表位修复（HIER）
HIER被认为能逆转一些交联，并实现表位二级或三级结构的重建。每种组织、固定方法和待研究抗原的实验方案必须经过优化。总的来说，HIER的成功率比PIER要高得多。HIER可利用微波炉、高压锅、蒸屉、高压灭菌锅或水浴开展。在HIER实验中，微波炉是越来越流行的设备。这些方案大多加热5分钟，然后更换缓冲液。对于所有HIER方法，在开始IHC/ICC孵育之前必须让玻片冷却。HIER对时间、温度、缓冲液和pH特别敏感，*方法必须根据经验确定。
优化与限制
抗原修复可能需要加强样品与玻片或盖玻片的附着。此外，此技术对于冰冻组织切片和酒精固定切片通常过于剧烈。对于每种设备，时间、温度和pH必须经过优化（如92-95 °C水浴中的5-10分钟，相对120 °C高压锅中的1-5分钟）。为了优化抗原修复，必须开展初步研究，使用时间、温度和pH的各种组合。在使用抗原修复方法时，应始终考虑到染色假象的可能性。实验应当包含对照，以证明特异的抗体结合，因为染色常受到实验中多个变量的影响。
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